Robert Comer war ein FBI- Spezialagent , der für das Büro in Washington DC arbeitete und irgendwann dem Büro in New Orleans angegliedert war . Seine Agentenkollegin Monica Reyes beschrieb ihn einmal als „geradlinig wie ein Herrscher“.
Profil UFO-Kult Anfang 2001 wurde Comer vom stellvertretenden Direktor Alvin Kersh beauftragt, einen UFO- Kult in North Dakota zu infiltrieren , nachdem der Kult Drohungen gegen Agent Fox Mulder ausgesprochen hatte . Comer verbrachte sechs Monate in der Sekte, die von Zeke Josepho geleitet wurde . Während dieser Zeit erhielt Comer die Information, dass Mulder getötet worden war, und begann an Josephos Prophezeiung zu glauben, dass Dana Scullys kleiner Sohn William die außerirdische Invasion der Erde anführen würde , sobald Mulder tot sei. Absturz und Attentat auf Williams Leben Ende 2001 wurde Comer auf dem Grenzübergang zwischen Kanada und den USA von zwei Grenzschutzbeamten verfolgt . Diese Verfolgung führte dazu, dass Comer mehrere Alien-Fußabdrücke verlor, die sich in seinem Besitz befunden hatten. Die Verfolgungsjagd endete damit, dass er mit seinem Motorrad über eine Klippe und in eine Schlucht stürzte, wobei er schwere Verletzungen erlitt, aber dennoch überlebte. Bald darauf heilte er sich selbst mit einem Alien-Artefakt, das eigentlich Teil eines Alien-Handwerks war, das der Kult in der Provinz Alberta , Kanada, gefunden hatte. Comer machte sich dann auf den Weg nach Maryland , wo er einen Lastwagen stahl und in Scullys Wohnung einbrach , bevor er sie und ihre Mutter angriff , um William zu töten. Bevor Comer das Baby ersticken konnte, brach Scully in den Raum ein und schoss dreimal auf Comer. Während er an seinen Verletzungen starb, sagte er ihr schwach, dass William „sterben musste“. Scully eine Prophezeiung überbringen. Während er im Krankenhaus in ernstem Zustand war, wurde eine handschriftliche Notiz von Comer gefunden, auf der lediglich „Jacke“ stand. Scully kam zu dem Schluss, dass dies eine Anspielung auf das Artefakt war, das sie in einer Tasche seiner Jacke gefunden hatte, und besuchte ihn mit Reyes im Krankenhaus. Nachdem er Comer das Artefakt gegeben hatte, erholte er sich auf wundersame Weise bis zu seiner vollständigen Gesundheit. Scully verlangte eine Erklärung für den Anschlag auf Williams Leben und Comer erklärte, dass William laut Josephos Prophezeiung ein Wunderkind sei, das dazu bestimmt sei, die Kolonisten zum Sieg auf der Erde zu führen, dass dies jedoch nur dann eintreten würde, wenn Mulder gestorben wäre. Da Comer gesagt worden war, dass Mulder tot sei, bestand er darauf, dass er William töten müsse, um die Außerirdischen aufzuhalten und zu verhindern, dass die Prophezeiung wahr werde. Comer bestand darauf, dass Scully ihm das Artefakt zurückgab, und sie kam seiner Bitte nach, doch ihre Diskussion wurde durch die Ankunft des Zahnstochermanns unterbrochen , der verlangte, dass sowohl Scully als auch Reyes Comers Station verlassen sollten. Da die Frauen fälschlicherweise glaubten, der Zahnstochermann sei ein FBI-Beamter und nicht wussten, dass er ein Supersoldat sei , wurde Comer mit dem Zahnstochermann allein gelassen. Comer starb bald darauf trotz seiner Heilung und das Artefakt verschwand.Robert Comer wurde von Neal McDonough gespielt .